นับตั้งแต่ในอดีตนั้น ศาลเจ้าแม่งูจงอางเป็นเพียงแค่ศาลไม้เล็ก ๆ ที่ตั้งอยู่บริเวณถนนพระราม 2 โดยเกิดจากการที่ระหว่างก่อสร้างถนนพระรามสองนั้น ได้มีคนงานคนหนึ่งได้ฝันว่ามีเจ้าแม่งูจงอางมาหาและพยายามขอให้เลื่อนเวลาสร้างถนนไปอีก เนื่องจากตนเองนั้นมีการตั้งท้องแก่และกำลังใกล้คลอดแล้ว เมื่อคลอดลูกเสร็จตนและลูกก็จะย้ายไปอยู่ที่อื่น คนงานคนนั้นได้สะดุ้งตื่นและจึงได้เล่าความฝันนี้ให้กับหัวหน้าฟัง แต่หัวหน้างานของคนงานนั้นกลับไม่สนใจเรื่องที่คนงานหญิงท้องแก่คนนั้นได้มาเล่าให้ฟังจึงทำดำเนินงานก่อสร้างไปต่อโดยไม่ได้สนใจอะไร ในระหว่างที่คนงานกำลังขับรถเกลี่ยหน้าดินอยู่นั้นก็ได้ถอยไปทับกับครอบครัวงูจงอางจึงทำให้ครอบครัวงูจงอางนั้นตายกันหมด และมีความเชื่อว่าต่อมาเจ้าแม่งูจงอางเกิดความอาฆาตโกรธแค้นมนุษย์ทั้งหลาย จึงทำให้เกิดอาเพสกับคนงานคนนั้นที่ได้ทำครอบครัวงูจงอางตายหมด และต่อมาก็ได้เกิดอุบัติเหตุมากมายกับผู้คนที่ขับผ่าน จึงต้องมีการตั้งศาลขึ้นมาเพื่อเป็นการขอขมาต่องูจงอาง ต่อมาได้มีการขยายถนนพระรามสอง จึงทำให้ต้องมีการย้ายศาลอีกครั้ง และเจ้าแม่จงอางได้ไปเข้าฝันของเจ้าของที่ดินในปัจจุบันว่าให้ช่วยสร้างศาลใหม่ให้หน่อย เจ้าของที่ดินรับรู้ความฝันนั้นและไม่นิ่งเฉย ก็ได้มีการทำตามคำขอของเจ้าแม่จึงทำให้เริ่มมีคนมา กราบไหว้มากขึ้นอย่างไม่น่าเชื่อ ตั้งแต่นั้นมาศาลเจ้าแม่งูจงอางก็ได้เป็นที่นิยมมาถึงปัจจุบัน